md-tools 工具

CrystalMD 模拟结束后，会产生二进制的原子信息文件，我们需要使用 md-tools 工具(v0.1.0)将其转化为可读的文本文件。

md-tools工具目前支持 OS X, linux系统；linux版本中包含amd64， arm等主流架构版本，OS x包含主流的amd64版本。

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1. 基本命令

1.1 md-tools --help命令

查看帮助信息。

$ md-tools --helpmd-tools 0.1.0Crystal MD conversion tools, compatible with Crystal MD v0.3.x.
USAGE:    md-tools [OPTIONS] --format <FORMAT> --input <input> --ranks <RANKS>
FLAGS:    -h, --help       Prints help information    -V, --version    Prints version information
OPTIONS:    -f, --format <FORMAT>    output format(xyz, text, db, def)    -i, --input <input>      Sets the filename of input file    -o, --output <output>    Sets the filename of output file [default: md-output]    -r, --ranks <RANKS>      ranks to run the parallel program

更多md-tools相关内容，请参考 https://git.hpcer.dev/HPCer/MISA-MD/md-tools 或 https://github.com/misa-md/md-tools。

1.2 转换模拟结果文件到文本文件

命令示例：

md-tools -f text -r 16 -i ./crystal_md.origin.out -o origin.txt

上面的例子中，-i 选项（或--input选项）指定MD模拟结果的二进制文件路径； -o （或--output） 选项指定转换的可读文本文件路径； -r选项（或--ranks）指定模拟时使用的MPI进程数(这里是16个MPI进程)；-f（或 --format）选项指定转换后的文件格式，目前支持xyz(用于可视化的xyz格式)和text (包含粒子速度、位置、类型等信息的文本文件) 两种格式。

如果要转换为可视化的xyz格式，只需设置--format选项为xyz即可:

md-tools -f xyz -r 16 -i ./crystal_md.origin.out -o origin.xyz