运行 Crystal MD

我们假设你通过以上步骤已经完成了Crystal MD的编译构建工作， 编译完成的二进制可执行文件位于$MD_PATH/build/bin/ 目录下。

1.运行

你可以使用 mpirun 命令运行并行的Crystal MD分子动力学软件。 例如，下面的示例中，使用4个MPI进程运行Crystal MD，并指定配置文件路径为和example同一目录下的config.toml文件。

?> 关于配置文件的相关说明请参考配置项等相关章节。

cd $MD_PATH/examplempirun -n 4 ../build/bin/CrystalMD -c config.toml

更多信息可以通过执行$MD_PATH/build/bin/CrystalMD --help命令查看。

$ cd $MD_PATH$ build/bin/CrystalMD --help  build/bin/CrystalMD {OPTIONS}
    This is Crystal MD program.
  OPTIONS:
      -h, --help                    Display this help menu      -c[conf], --conf=[conf]       The configure file

2.运行结果

运行结束后，example目录下会生成 atom dump 文件，按照每个进程输出。 文件名为 dump_{rank id}.atom，其中{rank id}为进程的rank id。