运行 Crystal MD

我们假设你通过以上步骤已经完成了Crystal MD的编译构建工作， 编译完成的二进制可执行文件位于$MD_PATH/build/bin/ 目录下。

1.运行

你可以使用 mpirun 命令运行并行的Crystal MD分子动力学软件。 例如，下面的示例中，使用4个MPI进程运行Crystal MD，并指定配置文件路径为和example同一目录下的config.yaml文件。

?> 关于配置文件的相关说明请参考配置项等相关章节。

cd $MD_PATH/examplempirun -n 4 ../build/bin/CrystalMD -c config.yaml

更多信息可以通过执行$MD_PATH/build/bin/CrystalMD --help命令查看。

$ cd $MD_PATH$ build/bin/CrystalMD --help  build/bin/CrystalMD {OPTIONS}
    This is Crystal MD program.
  OPTIONS:
      -h, --help                    Display this help menu      -c[conf], --conf=[conf]       The configure file      -v, --version                 show version number

2.运行结果

运行完成后，example目录下会多出一个名为crystal_md.*.out 的二进制文件(crystal_md.*.out为默认的输出文件名称，可在配置文件中更改)。 该文件中包含各个指定时间步dump的所有原子信息，如原子类型、id、位置坐标、速度等。

需要注意的是，该文件是二进制文件，无法直接查看，需要转化为可方便查看的文本文件。
可以使用md-tools 转化工具将二进制文件转化为文本文件md.txt ：

md-tools -f text -r 4 -i ./crystal_md.origin.out -o md.txt

更多关于md-tools工具的信息及使用方法请参照md-tools 工具章节。