配置项说明
配置文件的示例见$MD_PATH/example/config.toml, 其中配置文件的各个字段如下，你可以根据你的需求修改各选项的值。
simulation.phasespace#
类型: Integer 数组, 长度: 3;
说明：模拟盒子大小，分别为x、y、z三个维度上的尺寸；单位为晶格常数;
simulation.lattice_const#
类型: Float;
单位: 埃, Å;
说明: 晶格常数;
simulation.cutoff_radius_factor#
类型: Float;
说明: 截断半径系数; 截断半径系数乘以晶格常数等于实际的截断半径长度;
simulation.timesteps#
类型：Integer;
说明：模拟时间步数;
simulation.timesteps_length#
类型：Float;
单位：皮秒, ps;
说明：模拟中每一个时间步长度;
simulation.createphase#
说明：模拟中创建原子的相关参数;
simulation.createphase.create_phase#
类型：Boolean;
说明：true表示程序初始化时，按照给定参数(如温度)随机创建原子；false表示读入已有的原子信息以创建原子;
simulation.createphase.create_t_set#
类型：Float;
单位：开, K;
说明：初始化原子信息时的系统温度;
simulation.createphase.create_seed#
类型：Integer;
说明：创建原子信息的随机数种子；仅 simulation.createphase.create_phase 为 true 时有效;
simulation.alloy#
说明：合金元素的相关配置; 该部分仅simulation.createphase.create_phase 为 true 时有效;
simulation.alloy.create_seed#
类型：Integer;
说明：创建原子时，随机生成不同种类合金原子的随机数种子;
simulation.alloy.ratio#
说明：创建原子时，指定随机生成的各类合金原子比例，例如各类合金的比例Fe:Cu:Ni = 97:2:1;
simulation.alloy.ratio.Fe#
类型：Integer;
说明：创建合金时，合金中Fe元素的比例;
simulation.alloy.ratio.Cu#
类型：Integer;
说明：创建合金时，合金中Cu元素的比例;
simulation.alloy.ratio.Ni#
类型：Integer;
说明：创建合金时，合金中Ni元素的比例;
simulation.collision#
说明：级联碰撞的相关参数;
simulation.collision.collision_step#
类型：Integer;
说明：指定级联碰撞开始的时间步;
simulation.collision.lat#
类型：Integer 数组，长度: 4;
说明：级联碰撞PKA原子位置，数组第4项为偏移值，一般设为0;
simulation.collision.pka#
类型：Float
说明：用于设置级联碰撞PKA原子能量，单位eV，直接叠加到对应原子的速度上;
simulation.collision.direction#
类型：Integer 数组，长度: 3;
说明：用于设置PKA能量对应的速度在三个维度(x,y,z)的分量，或者说是PKA入射方向;
simulation.potential_file#
说明：势函数文件相关参数;
simulation.potential_file.type#
类型：String
说明：势函数文件格式, 取值"setfl"或者"funcfl"，目前仅支持 setfl 格式;
simulation.potential_file.filename#
类型：String
说明：势函数文件路径;
output.atoms_dump_mode#
类型：String
说明：输出模式，取值为"copy"或者"direct"；copy模式输出一个文件，二进制格式;
direct模式输出多个文本文件(每个进程与每一个需要输出的时间步都对应一个文件)，一般用于程序调试;
output.atoms_dump_file_path#
类型：String
说明：copy模式下，输出二进制文件路径;
如果设置了按帧输出(output.by_frame为true), 则文件路径中需要有一个大括号(如crystal_mdl.{}.out),程序输出时会将大括号替换为当前时间步数.
output.origin_dump_path#
类型：String
说明：copy模式下，输出级联碰撞前一个时间步的体系粒子，该选项指定输出的文件路径; 若该项为空，则不输出;
output.atoms_dump_interval#
类型：Integer
说明：指定每隔一定时间步，输出一次系统中的所有原子信息;
output.by_frame#
类型: Boolean
说明: 每隔output.atoms_dump_interval项指定的时间步数为一帧.
按帧输出选项打开时,程序会每一帧生成一个文件并标记输出时的时间步，否则将会将所有的帧都写入到一个文件中.
output.logs#
程序日志:可以选择输出到stdio或者文件.
output.logs.logs_mode#
类型: String
说明: 日志输出模式,可以为console(输出到stdio)或者file(输出到文件).
output.logs.logs_filename#
类型: String
说明: 如果日志输出模式为file, 该选项指定文件路径.