配置项说明
配置文件的示例见$MD_PATH/example/config.yaml, 其中配置文件的各个字段如下，你可以根据你的需求修改各选项的值。
基本配置#
基本配置指定模拟的基本信息，如空间信息(晶格点数、截断半径等)，体系创建等配置。
simulation#
说明：指定模拟的基本信息，如box大小、截断半径等;
simulation.phasespace#
类型: Integer 数组, 长度: 3;
说明：模拟盒子大小，分别为x、y、z三个维度上的尺寸；单位为晶格常数;
simulation.lattice_const#
类型: Float;
单位: 埃, Å;
说明: 晶格常数;
simulation.cutoff_radius_factor#
类型: Float;
说明: 截断半径系数; 截断半径系数乘以晶格常数等于实际的截断半径长度;
simulation.def_timesteps_length#
类型：Float;
单位：皮秒, ps;
说明：模拟中默认的每一个时间步长度;
creation#
说明：指定模拟初始化时创建模拟体系的相关参数;
creation.create_phase#
类型：Boolean;
说明：true表示程序初始化时，按照给定参数(如温度)随机创建原子；false表示读入已有的原子信息以创建原子;
creation.create_seed#
类型：Integer;
说明：创建原子信息的随机数种子；仅 creation.create_phase 为 true 时有效;
creation.create_t_set#
类型：Float;
说明：创建的体系的温度；仅 creation.create_phase 为 true 时有效;
creation.alloy#
说明：合金元素的相关配置; 该部分仅 creation.create_phase 为 true 时有效;
creation.alloy.create_seed#
类型：Integer;
说明：创建原子时，随机生成不同种类合金原子的随机数种子;
creation.alloy.types#
说明：合金元素的相关类型配置，可以指定模拟体系中合金的相关名称、相对原子质量及比例;
creation.alloy.types.name#
类型：String;
说明：合金名称，用户自定义字符串，一般可以用化学式符号;
creation.alloy.types.mass#
类型：Float;
说明：合金对应元素的相对原子质量;
creation.alloy.types.weight#
类型：Integer;
说明：合金中该元素的权重，用于指定在创建体系时，随机生成的各类合金原子的比例;
potential#
说明：势函数文件相关参数;
potential.type#
类型：String
说明：势函数文件格式, 取值"setfl"或者"funcfl"，目前仅支持 setfl 格式;
potential.file_path#
类型：String
说明：势函数文件路径;
output#
说明：输出相关配置;
output.atom_dump.presets#
说明：预设的体系 dump 配置，包括 dump 文件名、输出模拟等配置，在 stage 中可使用这些预设的 dump 配置。
output.atom_dump.presets.name#
类型：String
说明：预设的 dump 配置的名称，在 stage 中可通过该名称使用对应的预设 dump 配置;
output.atom_dump.presets.region#
类型：Float 数组，长度: 6;
单位: 埃, Å;
说明：输出指定区域的粒子信息，该数组指定区域的开始和结束坐标.
该参数是可选的，如果不指定，则默认输出模拟体系中所有的粒子信息;
output.atom_dump.presets.mode#
说明：输出模式，取值为"copy"或者"direct"；copy模式输出一个文件，二进制格式;
direct模式输出多个文本文件(每个进程与每一个需要输出的时间步都对应一个文件)，一般用于程序调试;
output.atom_dump.presets.file_path#
类型：String
说明：copy模式下，输出二进制文件路径;
如果设置了按帧输出(output.by_frame为true), 则文件路径中需要有一个大括号(如misa_mdl.{}.out),程序输出时会将大括号替换为当前时间步数.
output.atom_dump.presets.by_frame#
类型: Boolean
说明: 每隔指定的时间步数输出一次体系的粒子信息（在 stage 中配置）为一帧。
如果此按帧输出选项打开，程序会在每一帧时创建一个输出文件，否则将会将所有的帧都写入到一个文件中。
output.thermo#
说明：热力学信息的输出相关配置;
output.thermo.interval#
类型：Integer
说明：指定每隔一定时间步输出系统的热力学信息，包括体系温度、能量等;
output.logs#
说明：程序日志, 可以选择输出到标准输出或者文件.
output.logs.logs_mode#
类型：String
说明：日志输出模式,可以为console(输出到标准输出)或者file(输出到文件).
output.logs.logs_filename#
类型：String
说明：如果日志输出模式为file, 该选项指定文件路径.
STAGES#
stage允许一个模拟流程可以分为若干个stages，借鉴自 gitlab-ci 和 github action。每个 stage 中依据该stage的配置参数执行若干时间步。
目前 stage 中可以配置时间步、时间步长等参数以及rescale、PKA级联碰撞等操作。
[stage].name#
类型：String
说明：stage 名称;
[stage].steps#
类型：Integer
说明：该 stage 执行的模拟时间步数;
[stage].step_length#
类型：Float
单位：皮秒, ps;
说明：该 stage 执行的模拟所使用的时间步长，如不指定则使用默认时间步长(由simulation.def_timesteps_length指定);
[stage].rescale#
说明：每隔一定时间步进行一次rescale，将体系温度重新设置为给定的温度; 该选项指定rescale 的相关参数;
[stage].rescale.t#
类型：Float;
单位：开, K;
说明：每次rescale时，重新设置的体系温度;
[stage].rescale.every_steps#
类型：Integer
说明：执行 rescale 操作的时间步间隔;
[stage].setv#
说明：级联碰撞的相关参数;
[stage].setv.collision_step#
类型：Integer;
说明：指定级联碰撞开始的时间步，该时间步时相对于该stage的，而非全局时间步;
[stage].setv.lat#
类型：Integer 数组，长度: 4;
说明：级联碰撞PKA原子位置，数组第4项为偏移值，一般设为0;
[stage].setv.energy#
类型：Float
说明：用于设置级联碰撞PKA原子能量，单位eV，直接叠加到对应原子的速度上;
[stage].setv.direction#
类型：Integer 数组，长度: 3;
说明：用于设置PKA能量对应的速度在三个维度(x,y,z)的分量，或者说是PKA入射方向;
[stage].dump#
说明：dump 体系粒子信息的相关参数配置;
需要说明的是，dump 配置仅针对当前的 stage 生效，即作用域仅限制在本 stage，
如果需要在其他 stage 中输出体系粒子信息，需要在其他 stage 中配置对应的 dump。
[stage].dump.use#
类型：String
说明：引用的 dump preset 的名称，采用该 preset 中的配置（如文件名、输出区域等）进行体系粒子的输出;
[stage].dump.every_steps#
类型：Integer
说明：每间隔该项指定的时间步数，输出一帧体系中的粒子信息.